Proteomanalyse
Hochauflösende Massenspektrometrie (HR-MS) hat sich als eine Schlüsseltechnologie der Proteomforschung in Bezug auf biomedizinische und klinische Fragestellungen etabliert. Die Analyse von Proteinexpressionsmustern, die globale Analyse posttranslationaler Modifikationen oder die Aufklärung von Protein/Protein-Interaktionsnetzwerken ermöglichen heute in vielen Fällen, ein detailliertes Verständnis von Gesundheit und Krankheit auf der molekularen Ebene zu gewinnen. Zusätzlich bietet die Massenspektrometrie einen neuen technologischen Zugang zur Erhebung aussagekräftiger molekularer Parameter, um die Diagnose und Therapie schwerer Erkrankungen zu verbessern.
Die Wissenschaftliche Serviceeinrichtung Proteomanalyse (Core Facility Proteomics, CF Pro) der UMG bietet internen und externen Forschergruppen ein Portfolio Massenspektrometrie-basierter Ansätze zur Analyse komplexer biologischer Proben. Neben der Untersuchung zellbasierter Modellsysteme haben wir als Grundlage für die klinische Proteomanalyse eine Reihe robuster analytischer Workflows zur direkten labelfreien Proteomanalyse in Geweben oder Körperflüssigkeiten in der Routine etabliert. Darüber hinaus können auf Basis einer wissenschaftlichen Zusammenarbeit maßgeschneiderte analytische Ansätze etabliert und umgesetzt werden.
Die Serviceeinrichtung ist angebunden an die Forschungsgruppe Bioanalytik von Prof. Dr. Henning Urlaub im Institut für Klinische Chemie.
Geräteausstattung
Hardware
- Massenspektrometer timsTOF Pro 2 (Bruker) vom Typ Ionenmobilität-Quadrupol-Flugzeit
- Massenspektrometer Q Exactive (Thermo Fisher Scientific) vom Typ Quadrupol-Orbitrap
- Barocycler 2320 EXT (Pressure Biosciences) zum Probenaufschluss von Gewebe
- Chromatograph Äkta Pure 25 (Cytiva) für Peptid- und Proteintrennungen
- UV/Vis Spektrophotometer Nanodrop (Thermo Fisher Scientific) und Little Lunatic (Unchained Labs)
- Mini-Gel System Xcell SureLock (Invitrogen) zur SDS-PAGE und BN-PAGE
Software
- Spectronaut 15.1 (Biognosys)
- MaxQuant 2.0.3, Perseus 1.6.15.0 (MPI für Biochemie)
- MASCOT 2.7 (Matrixscience)
- Peaks X Studio (Bioinformatics Solutions)
- ProteinPilot 5.0, PeakView 2.2 (SCIEX)
- Scaffold 5 (Proteome Software)
- Skyline 22.0 (University of Washington)
Leistungen
Die Wissenschaftliche Serviceeinrichtung Proteomanalyse bietet verschiedene Möglichkeiten zur Peptid-und Proteintrennung wie Proteinfällungen, SDS-PAGE und BN-PAGE, enzymatische Verdaue und chromatographische Peptid- und Proteintrennungen. Zusätzlich haben wir Protokolle für den Aufschluss und die Aufreinigung von Proben aus einer Vielzahl klinisch relevanter Gewebetypen etabliert.
Für die massenspektrometrische Analyse stehen hochauflösende hybride Massenspektrometer der Typen Quadrupol-Orbitrap und Ionenmobilität-Quadrupol-Flugzeit zur Verfügung, die sowohl datenabhängige (DDA) als auch datenunabhängige (DIA) Messmodi zur relativen und absoluten Quantifizierung von Peptide und Proteinen ermöglichen.
Alle Projekte werden verbindlich vereinbart und beinhalten neben der Probenvorbereitung, massenspektrometrischen Analyse und Datenprozessierung eine ausführliche Vorbesprechung und detaillierte Ergebnisdiskussion. Zu guter Letzt unterstützen wir forschende Gruppen der UMG durch zum Beispiel Kostenvoranschläge oder Unterstützungsschreiben bei der Beantragung von Drittmitteln.
Kontakt
Unser Leistungsangebot sowie die Nutzerdokumentation werden fortlaufend überarbeitet und weiter entwickelt. Die aktuellen Fassungen finden Sie unten auf dieser Webseite. Bei Interesse an unserem Angebot sprechen Sie uns bitte an!
Kontaktinformationen
- Telefon: +49 551 3965192
- E-Mail-Adresse: christof.lenz(at)med.uni-goettingen.de
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