Proteomanalyse

Hochauflösende Massenspektrometrie (HR-MS) hat sich als eine Schlüsseltechnologie der Proteomforschung in Bezug auf biomedizinische Fragestellungen etabliert. Die Analyse von Proteinexpressionsmustern, die globale Analyse posttranslationaler Modifikationen oder die Aufklärung von Protein/Protein-Interaktionsnetzwerken ermöglichen heute in vielen Fällen, ein detailliertes Verständnis von Gesundheit und Krankheit auf der molekularen Ebene zu gewinnen.

Die Wissenschaftliche Serviceeinrichtung Proteomanalyse (Core Facility Proteomics, CF Pro) der UMG bietet internen und externen Forschergruppen ein Portfolio Massenspektrometrie-basierter Ansätze zur Analyse komplexer Proteomproben. Neben der Untersuchung zellbasierter Modellsysteme haben wir als Grundlage für die klinische Proteomanalyse eine Reihe robuster analytischer Workflows zur direkten labelfreien Proteomanalyse in Geweben oder Körperflüssigkeiten in der Routine etabliert. Darüber hinaus können auf Basis einer wissenschaftlichen Zusammenarbeit maßgeschneiderte analytische Ansätze etabliert und umgesetzt werden.

Geräteausstattung

Hardware

  • Massenspektrometer Q Exactive (Thermo Fisher Scientific) vom Typ Quadrupol-Orbitrap
  • Massenspektrometer TripleTOF 5600+ (SCIEX) vom Typ Quadrupol-Flugzeit
  • Pressure Cycler Barocycler 2320 EXT zum Probenaufschluss
  • Chromatograph GE Äkta Pure 25 für Peptid- und Proteintrennungen
  • Invitrogen Xcell SureLock™ Mini-Cell System zur SDS-PAGE


Software

  • MatrixScience MASCOT v2.6
  • SCIEX ProteinPilot v5.0, PeakView v2.2
  • Biognosys Spectronaut v13.1
  • MPI for Biochemistry MaxQuant v1.5.7.4, Perseus v1.5.6.0
  • Proteome Software Scaffold v4.6
  • University of Washington Software Skyline v20.1

Leistungen

Die Wissenschaftliche Serviceeinrichtung Proteomanalyse bietet verschiedene Möglichkeiten zur Peptid-und Proteintrennung wie Proteinfällungen, SDS-PAGE, enzymatische Verdaue und chromatographische Peptid- und Proteintrennungen. Zusätzlich haben wir Protokolle für den Aufschluss und die Aufreinigung von Proben aus klinisch relevanten Gewebetypen etabliert.

Für die massenspektrometrische Analyse stehen hochauflösende hybride Massenspektrometer der Typen Quadrupol/Orbitrap und Quadrupol/Flugzeit zur Verfügung, die sowohl datenabhängige (DDA) als auch datenunabhängige (DIA) Messmodi zur relativen und absoluten Quantifizierung von Peptide und Proteinen ermöglichen.

Alle Projekte werden verbindlich vereinbart und beinhalten neben der Probenvorbereitung, massenspektrometrischen Analyse und Datenprozessierung eine ausführliche Vorbesprechung und detaillierte Ergebnisdiskussion. Zu guter Letzt unterstützen wir forschende Gruppen der UMG durch zum Beispiel Kostenvoranschläge oder Unterstützungsschreiben bei der Beantragung von Drittmitteln.

Kontakt

Unser Leistungsangebot sowie die Nutzerdokumentation werden fortlaufend überarbeitet und weiter entwickelt. Die aktuellen Fassungen finden Sie unten auf dieser Webseite. Bei Interesse an unserem Angebot sprechen Sie uns bitte an!

Leitung

Dr. Christof Lenz

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Fachaufsicht

Prof. Dr. Henning Urlaub

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Technische Assistenz

Lisa Neuenroth

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Technische Assistenz

Thierry Wasselin

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